Üniversite sonrası ilk olarak İstanbul Hamidiye Eftal (bugünkü Şişli Eftal Çocuk Hastanesi) Hastanesi'nde göreve başladı. Mesleğini çok seven ve tıp alanında hızla ilerleyen Dr. Rıfkı Bey, 14 Ekim 1906 tarihinde yüzbaşı rütbesini, 18 Haziran 1908 tarihinde de operatörlük yapma yetkisini aldı. Bu sırada açılan imtihanı kazanarak ihtisasını geliştirmek üzere Paris’e gitti. Burada çalışmalarını bitirmek üzereyken çıkan Trablusgarp harbi üzerine Kızılay tarafından Humus’a gönderilen heyette yeraldı.

Sırasıyla Beyrut merkez hastanesi, Yassı Viran Hastanesi ve Edirne İkinci Menzil Hastanesine tayin edildi. Daha sonra İzmir’de 4. Kolorduda görev aldı. Birinci Dünya Savaşı sırasında Kafkas Cephesi'nde ve Suriye Cephesi'nde görev yaptı. Savaş sonrasında İsviçre'ye giderek orada göğüs cerrahisi üzerine çalışan Dr. Rıfkı Bey, buradan röntgen ihtisasını da almıştır. Ayrıca başta Almanya olmak üzere pek çok ülkede tıp alanında çalışmalar yaptı.

Gülhane Askeri Hastanesinde röntgen öğretmenliği yaparken milli mücadeleye katılmak üzere Ankara’ya gelen Dr. Rıfkı Bey, Ankara’da Cebeci Hastanesi'ni kurarak başhekimliğini yaptı. Aynı zamanda Atatürk’ün özel doktorluğunu da yapan Rıfkı Bey, 1926 yılında Atatürk’ün davetlisi olarak Ankara’ya gelen Afgan Kralı Amanullah Han‘ın talebi üzerine Afganistan’da sağlık alanında çalışmalar yapmak üzere Atatürk tarafından görevlendirildi. Prof. Kamil Rıfkı Urga, ekibinin başında Afganistan’a giderek bu ülkede 17 yıl kaldı.

Afganistan’da kaldığı süre içinde hem kral ve ailesinin doktorluğunu yaptı hem de Afganistan'daki ilk Tıp Fakültesi olan Kabil Tıp Fakültesi'ni kurup ilk dekanı oldu. Afgan kralı ve Afgan halkı Prof. Dr. Kamil Rıfkı Urga’yı öylesine çok sevdi ki Kabil’de Dr. Rıfkı adını verdikleri bir Sanatoryum yaptılar. 17 yıl bu ülkede çok başarılı çalışmalar yaptıktan sonra Ankara'ya döndü. Yaşlılığı nedeniyle 14 Aralık 1944 yılında Ankara’ya dönüş yapan Rıfkı Bey'e Afganistan’ın Sardar-ı Ali, Serdar-ı Ala ve maarif nişanları verildi. Türkiye'ye dönüşünde ise başta Atatürk olmak üzere dönemin Dışişleri Bakanı M.Cevat Açıkalın ve Sağlık Bakanı Dr. Hulusi Alataş tarafından çeşitli ödüller ve takdirname ile ödüllendirildi.

Döneminin dünyadaki en ünlü doktorlarından birisi olan Dr. Rıfkı Bey, 11 Şubat 1966 yılında Kabil adını verdiği apartmanındaki evinde 86 yaşında yaşamını yitirdi. Vasiyeti üzerine de Çankırı’daki aile kabristanında toprağa verildi.

Öldükten sonra evinin salonu kızı Zehra hanım tarafından adeta bir müze haline getirildi ve hayatı boyunca kendisine verilen nişan, takdirname ve ödüller burada sergilendi. Dr. Rıfkı Bey'e verilen nişanlar ve madalyalar arasında İngiltere'nin Vicroria nişanı, Fransızların akademi ve Legiond’honneure madalyası, Almanların Çelik haç madalyası, Belçika madalyası, Şah Rıza Pehlevi tarafından verilen İran madalyası, Mısır Kralı Fuat tarafından verilen Mısır Madalyası, Polonya nın “Polonia Restitva “ Madalyası da bulunuyor.